Atatürk Çay ve Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü, 1924 yılında 60 dekar alan üzerinde “Narenciye Fidanlığı” adı altında kurulmuştur. Narenciye Fidanlığının ilk amacı, 407 Sayılı Kanun çerçevesinde Rize Vilayeti ile Borçka Kazasında fındık, portakal, limon, mandalina ve çay yetiştirilmesini sağlamak ve geliştirmekti.
Fidanlık 1945 yılında “Bahçe Kültürleri İstasyonu” adını almış , meyve ve çay fidanı üretimi ile ilgili çalışmalarına devam etmiştir. Bu çalışmalar neticesinde bölge halkının yaş çay üretimine yönelmesi sağlanmış ve çaylık alanlarda büyük bir artış meydana gelmiştir. Çaylık alanlardaki artışa paralel olarak artan hammaddenin mamul ürün haline getirilmesi konusundaki çalışmalara da öncülük edilmiş bunun sonucunda üretim ile ilgili prosesler oluşturulmuş ve Türk damak zevkine uygun standart kuru çay üretimi sağlanmıştır. Bu süreç içerisinde çay sektörü ile ilgili ortaya çıkan bilimsel , ekonomik ve sosyal sorunların çözümü konusunda öncülük yapmıştır.
1958 yılında Enstitünün “Bahçe Kültürleri İstasyonu” olan ismi “Çay Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü” olarak değiştirilmiş ve Tarım Bakanlığına bağlanmıştır. 1973 yılında Çay İşletmeleri Genel Müdürlüğü bünyesine alınan Enstitü, 1984 yılı sonlarına kadar bu isim altında faaliyetlerine devam etmiş bu tarihten sonra da Çay Enstitüsü Başkanlığı adını almıştır. 29 Ocak 1990 tarihinde ismi Çay Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü olarak değiştirilmiş daha sonra tekrar Çay Araştırma Enstitüsü Başkanlığı haline getirilmiştir.1997 yılından sonra Enstitü çalışmalarını “Atatürk Çay ve Bahçe Kültürleri Araştırma Enstitüsü Müdürlüğü” adı altında devam ettirmektedir.